פרופ' יוחנן בר-יפה הינו היסטוריון המתמחה במסורות בעל-פה של התרבויות האנדיניות (אינקה), ההיסטוריה של אימפריית האינקה וההיסטוריה הקולוניאלית של האינקה. תחומי מחקרו: הגבולות הגיאוגרפיים של עולם האינקה, השימוש בשפות אנדיניות כמקור היסטורי לשינויים תרבותיים בין המאה ה-15 למאה ה-20, וכן הקמת בסיס נתונים של קצ'ואה קולוניאלית (נכון להיום מאגר זה כולל 102,000 פריטים).